Národní archiv je od 1. ledna 2005 správním úřadem a ústředním archivem státu přímo řízeným Ministerstvem vnitra. Je organizační složkou státu a účetní jednotkou; jeho rozpočet je součástí rozpočtové kapitoly Ministerstva vnitra.
Oddělení spravuje archivní soubory politické, finanční, soudní a církevní správy vzniklé z činnosti ústředních úřadů a institucí českého státu od poloviny 12. do poloviny 19. století.
Oddělení dále vykonává předarchivní péči u vrcholných orgánů církevních institucí a ukládá jejich archivní fondy (většinou formou depozita).
Oddělení sídlí na rozdíl od ostatních pracovišť Národního archivu v historické budově v Dejvicích, jeho součástí je vlastní badatelna, k dispozici badatelům je na místě rovněž pobočka knihovny.
Oddělení spravuje archivní soubory politické, finanční, soudní a horní správy a zemské samosprávy vzniklé z činnosti zemských úřadů Království českého z období 1848–1918 s přesahy až do 16. století a archivní soubory z činnosti ústředních správních úřadů, dvorských úřadů a úřadů vykonávajících správu majetku císařské rodiny z téhož období získané v rámci spisové a archivní rozluky s Rakouskem.
Oddělení spravuje archivní soubory politické, finanční a soudní správy vzniklé z činnosti ústředních úřadů Československé republiky a Protektorátu Čechy a Morava v letech 1918–1945, včetně fondů německých okupačních úřadů a fondů československých exilových státních orgánů v zahraničí 1939–1945. Dále spravuje soubory české zemské správy a pražského policejního ředitelství.
Oddělení spravuje archivní soubory vzniklé z činnosti československých ústředních úřadů z let 1945–1968 a českých a federálních ústředních úřadů z let 1969–1992 včetně jejich zařízení s celostátní nebo republikovou působností. Dále spravuje složitý archivní soubor ústředních orgánů Komunistické strany Československa. Oddělení se též podílí na výběru archiválií z uvedeného časového období.
Oddělení spravuje archivní soubory vzniklé z činnosti ústředních úřadů České republiky od roku 1993. Oddělení vykonává veškeré odborné činnosti ve vztahu k legislativně určenému okruhu veřejnoprávních původců archiválií, provádí dohled nad jejich spisovou službou, předarchivní péči a výběr archiválií.
Oddělení dále vede základní evidenci archiválií uložených v Národním archivu, je garantem rozvoje a realizace informačního systému a administrace aplikačních programů. Zajištuje správu sítě a výpočetní techniky.
V rámci oddělení funguje rovněž pracoviště specializované na přejímání, dlouhodobé ukládání a zpřístupňování dokumentů v digitální podobě u původců v působnosti Národního archivu, po metodické stránce i v celostátním měřítku (Národní digitální archiv).
Oddělení spravuje archivní soubory nestátní provenience, zejména osobní a rodinné archivy, archivní soubory vzniklé z činnosti vrcholných a obdobných orgánů politických stran a hnutí, organizací s mezinárodním prvkem, spolků a občanských sdružení, odborových organizací, organizací zaměstnavatelů a profesních komor (s výjimkou zřízených ze zákona), nadací a nadačních fondů a obecně prospěšných společností a dále archivní sbírky. Spolupracuje s určenými soukromoprávními původci, kterým poskytuje odborné infomační služby a po vzájemné dohodě u nich provádí výběr archiválií. Systematicky spolupracuje rovněž s organizacemi zahraničních Čechů.
Oddělení spravuje archivní soubory tvořené fotografickými, zvukovými a kinematografickými archiváliemi. Zajištuje provoz badatelny a ve spolupráci s ostatními odděleními poskytuje badatelům odborný informační servis.
Dále zajišťuje provoz podatelny a organizuje vlastní spisovou službu Národního archivu. Zajišťuje rovněž provoz fotografických a digitalizačních ateliérů. Provádí veškeré reprodukce archiválií pro potřeby archivu i badatelů. Vytváří koncepci digitalizace archiválií v Národním archivu a ve spolupráci s dalšími odděleními zajišťuje její realizaci.
Oddělení dále zajišťuje vydávání a distribuci publikací Národního archivu dle edičního plánu.
Oddělení je rovněž organizačním garantem veškerých akcí pro veřejnost realizovaných Národním archivem (exkurze, výstavy, přednášky, konference a semináře, projekce filmů).
Odborná archivní knihovna, jejíž fond vychází z charakteru, potřeb a historie Národního archivu a jeho předchůdců. Je orientována zejména na archivnictví, historii, pomocné vědy historické a dějiny správy a práva, informatiku, výběrově i další obory. Knihovna má status veřejné knihovny, zajišťuje veškeré služby plynoucí z legislativních povinností nebo ze spolupráce knihoven ČR. Podílí se na tvorbě současné a retrospektivní bibliografie oboru archivnictví.
Oddělení se věnuje všestranné péči o fyzický stav archiválií uložených v Národním archivu. Ta zahrnuje jak soubor opatření preventivního charakteru, včetně průzkumů fyzického stavu archivních dokumentů a kontrol mikrobiologické čistoty depozitářů, tak i provádění vlastních konzervátorských a restaurátorských prací. Oddělení plní rovněž funkci ústředního vědeckovýzkumného pracoviště a metodického centra v uvedené oblasti.
Oddělení zabezpečuje provoz Národního archivu po hospodářské a provozní stránce a správu budovy.
Oddělení zajišťuje provoz sekretariátu ředitelky Národního archivu, personální práci, interní audit, právní služby, agendu spojenou se státní službou a agendu zahraničních cest.