Základní rámec vědecké činnosti Národního archivu je dán zákonem č. 499/2004 Sb. o archivnictví a spisové službě, dále zákonem č. 130/2002 Sb. o podpoře vědy, výzkumu a vývoje, vládním usnesením č. 729/2009 Sb., kterým se stanoví národní politika výzkumu, vývoje a inovací, a konečně tradicí instituce, jejíž odborné počátky je možné sledovat až do 18. století. V roce 2009 byl Národní archiv zapsán do seznamu výzkumných organizací dle zákona č. 130/2002 Sb. (v roce 2017 v souvislosti s legislativní změnou tuto pozici znovu obhájil).
Podstatu výzkumného programu Národního archivu tvoří kombinace základního a aplikovaného výzkumu. Provádí vědeckou a výzkumnou činnost v oblasti archivnictví, pomocných věd historických a v příbuzných vědních oborech, plní úkoly ústředního vědecko-výzkumného pracoviště na úseku preventivní péče o archiválie, konzervace a restaurování archiválií, dále v oblasti uchovávání a zpřístupňování nových forem nosičů informací, včetně dokumentů v digitální podobě.
Konkrétní výzkumné nástroje jsou především:
Aktuálně pracuje Národní archiv dle rozvojového programu výzkumné organizace pro programové období 2017–2023.
Byla zřízena služebním předpisem ředitelky NA č. 15 ze dne 3. 11. 2017, kterým se vydává statut a jednací řád vědecké rady. Vědecká rada je poradním orgánem ředitelky archivu a jejím úkolem je podílet se na krátkodobé a dlouhodobé koncepci vědecké činnosti NA, všestranně podporovat a hodnotit probíhající výzkumné projekty NA a projednávat a vyjadřovat se k plánovaným výzkumným projektům NA.
Služební předpis ředitelky NA č. 15/2017, kterým se vydává statut a řád VR.
Členové Vědecké rady Národního archivu
Ing. Benjamin Bartl, Ph.D. (Národní archiv), funkční období 2022–2026, místopředseda VR NA
Doc. Ing. Michal Ďurovič, Dr. (Vysoká škola chemicko-technologická v Praze), funkční období 2024–2028
Mgr. Jan Hrdina, Ph.D. (Archiv hlavního města Prahy), funkční období 2024–2028, předseda VR NA
Prof. PhDr. Jiří Kocian, CSc. (Ústav pro soudobé dějiny AV ČR, v. v. i.), funkční období 2024–2026
Ing. Miroslav Kunt (Národní archiv), funkční období 2022–2026
PhDr. et PhDr. Petr Mareš, Ph.D. (Národní archiv), funkční období 2024–2028
ThDr. Mgr. Šárka Steinová, Th.D. (Národní archiv), funkční období 2024–2026
Doc. PhDr. Jiří Šouša, CSc. (Filozofická fakulta UK v Praze), funkční období 2024–2026
PhDr. Zdeněk Vašek, Ph.D. (Ústav dějin a archiv Univerzity Karlovy v Praze), funkční období 2024–2028