Smutný osud posádkového města Terezín se naplnil v listopadu 1941. Původní obyvatelstvo bylo vysídleno a do města začaly přijíždět první židovské transporty. V ghettu byly vězněni nejen Židé z českých zemí, ale i z Německa a dalších evropských zemí. Do konce války prošlo terezínským ghettem kolem 140 000 osob, přičemž na 35 000 z nich zahynulo v důsledku nevyhovujících životních podmínek. Z ghetta bylo vypraveno celkem 63 transportů, povětšinou do Osvětimi.
Policejní věznice v terezínské Malé pevnosti začala fungovat již od června 1940. Postupně zde bylo vězněno asi 32 000 mužů a žen. Do osvobození popravili Němci přes 250 vězňů, dalších 2600 jich zahynulo v důsledku fyzického týrání a špatných podmínek.
8. května, ještě před osvobozením Terezína Rudou armádou, se začala výrazně horšit zdravotní situace mezi vězni, která vyvrcholila tyfovou epidemií. Na její likvidaci se podíleli čeští lékaři a zdravotníci, ale i bývalí vězni. Epidemie si vyžádala stovky obětí.
Do srpna 1945 probíhala repatriace osvobozených zahraničních vězňů a pokračovala exhumace těl obětí z období německé okupace.