Evidence je vedena podle zákona č. 499/2004 Sb., vyhlášky č. 645/2004 Sb., metodického návodu odboru archivní správy k vedení evidence Národního archivního dědictví ze dne 25. 2. 2005 a pokynu ředitele odboru archivní správy ze dne 3. 1. 2006 týkajícího se způsobu vedení evidence NAD archivních souborů, které jsou předmětem smlouvy o výpůjčce archiválií.
Ve své základní evidenci Národního archivního dědictví (dále jen NAD) vede Národní archiv údaje o archivních fondech a sbírkách, které spravuje, tj. včetně archivních fondů a sbírek, které jsou v archivu uloženy na základě smlouvy o uložení. Základní evidence zahrnuje evidenci přírůstků a úbytků, která se dále člení na evidenci vnějších přírůstků a úbytků a evidenci vnitřních přírůstků a úbytků, evidenční listy NAD a evidenci archivních pomůcek. Základní evidence je vedena v digitální podobě, v listinné podobě jsou povinně vedeny pouze evidenční listy NAD a záznamy o vnějších přírůstcích a úbytcích. Evidence je vedena průběžně, vždy jednou ročně do konce února kalendářního roku předává Národní archiv data ze své základní evidence do ústřední evidence NAD vedené odborem archivní správy MV, a to v digitální podobě. K 31. 12. 2008 spravoval Národní archiv celkem 1724 archivních souborů o celkovém rozsahu 119 611,15 běžných metrů.
Evidence je vedena podle zákona č. 499/2004 Sb., vyhlášky č. 645/2004 Sb. a metodického návodu odboru archivní správy k vedení evidence Národního archivního dědictví ze dne 25. 2. 2005
Podle své působnosti vede Národní archiv ve své základní evidenci NAD rovněž údaje o archiváliích, které jsou uloženy mimo muzea, knihovny, galerie, památníky, pracoviště Akademie věd ČR a vysoké školy (dále jen kulturně vědecké instituce) a archivy, tj. u právnických nebo fyzických osob, které nemají ze zákona povinnost vést základní evidenci NAD. V Digitální podobě je základní evidence je vedena v rozsahu evidenčních listů NAD a evidence archivních pomůcek, v listinné podobě tuto evidenci tvoří evidenční listy NAD. Evidence se aktualizuje vždy jednou ročně do konce ledna následujícího roku. Vlastník nebo držitel archiválie, který rovněž podepisuje evidenční list NAD vedený v listinné podobě, má povinnost na vyžádání předat archivu údaje potřebné pro vedení evidence. Údaje z této evidence předává Národní archiv do ústřední evidence NAD v digitální podobě vždy do konce února kalendářního roku.
K 31. 12. 2008 evidoval Národní archiv v této evidenci čtyři archivní fondy — Salesiáni — dům, Praha, jehož vlastníkem je Salesiánská provincie Praha — kongregace Salesiáni Dona Bosca, Náboženská matice, Praha, jehož vlastníkem je Náboženská matice, Česká geologická služba — Geofond, jehož vlastníkem je Česká geologická služba — Geofond a Občanská demokratická strana (vlastníkem ODS).
Evidence je vedena podle zákona č. 499/2004 Sb., vyhlášky č. 645/2004 Sb. a metodického návodu odboru archivní správy k vedení evidence Národního archivního dědictví ze dne 25. 2. 2005 a metodického návodu k vedení evidence NAD v muzeích, knihovnách, galeriích, památnících, pracovištích Akademie věd ČR a vysokých školách ze dne 31. 10. 2005.
Národní archiv vede druhotnou evidenci NAD archiválií uložených v bezpečnostních archivech, ve specializovaných archivech, jejichž zřizovateli jsou organizační složky státu s celostátní působností, jimi zřízené státní příspěvkové organizace a právnické osoby zřízené zákonem s celostátní působností, v Archivu hlavního města Prahy, v soukromých archivech, jejichž zřizovateli jsou vrcholné a obdobné orgány politických stran, politických hnutí, občanských sdružení, odborových organizací, organizací zaměstnavatelů, profesních komor, církví a náboženských společností, nadací a nadačních fondů, obecně prospěšných společností a vybrané fyzické osoby a v kulturně vědeckých institucích, mezi něž patří ústavy Akademie věd ČR a centrální muzea, knihovny, galerie a památníky.
Národní archiv vede druhotnou evidenci NAD pouze v digitální podobě v rozsahu evidenční listy NAD a evidence archivních pomůcek. Bezpečnostní archivy, specializované archivy, soukromé archivy a Archiv hlavního města Prahy předávají údaje ze své základní evidence do druhotné evidence Národního archivu vždy jednou ročně do konce února kalendářního roku v digitální podobě. Kulturně vědecké instituce předávají údaje do druhotné evidence Národního archivu vždy do konce ledna kalendářního roku, a to v listinné nebo digitální podobě. Národní archiv předává údaje ze své druhotné evidence do ústřední evidence NAD v digitální podobě do konce února kalendářního roku.
V současné době předávají data do druhotné evidence Národního archivu následující archivy a kulturně-vědecké instituce:
Součástí druhotné evidence Národního archivu je rovněž evidence přijatých stejnopisů archivních pomůcek vedená v digitální podobě. Archivy a kulturně vědecké instituce, které předávají Národnímu archivu údaje ze své základní evidence NAD do druhotné evidence, mají podle § 8 vyhlášky č. 645/2004 Sb. povinnost předávat také stejnopisy svých dílčích inventářů, inventářů, katalogů, rejstříků, tematických katalogů, soupisů dokumentů a tematických rejstříků.
Ke dni 31. 12. 2008 evidoval Národní archiv celkem 221 přijatých stejnopisů archivních pomůcek. Do druhotné evidence Národnímu archivu předaly stejnopisy následující archivy a kulturně vědecké instituce:
Archiv Akademie věd České republiky (34 pomůcek), Archiv hlavního města Prahy (91 pomůcek), Archiv Národního technického muzea (15 pomůcek), Archiv Pražského hradu (2 pomůcky), Archiv Úřadu pro zahraniční styky a informace (3 pomůcky), Literární archiv Památníku národního písemnictví (34 pomůcek + 1 CD s 1150 soupisy osobních fondů), Archiv Národní knihovny ČR (21 pomůcek), Archiv Národního muzea (21 pomůcek)
Evidence je vedena podle zákona č. 499/2004 Sb., vyhlášky č. 645/2004 Sb. a metodického návodu k postupu prohlášení archiválií, archivních sbírek a archivních fondů nebo jejich ucelených částí za archivní kulturní památky, prohlášení archivních kulturních památek za národní kulturní památky a o nakládání s archiváliemi prohlášenými za tyto památky a péči o ně ze dne 2. 1. 2006
Národní archiv vede zvláštní evidenci archivních kulturních památek (dále jen AKP) a Národních kulturních památek (dále jen NKP), které eviduje ve své základní evidenci nebo druhotné evidenci NAD. Zvláštní evidenci kulturních památek tvoří stejnopisy žádostí o prohlášení archiválií za AKP nebo NKP, stejnopisy rozhodnutí ministerstva o prohlášení archiválií za AKP a stejnopisy nařízení vlády o prohlášení AKP za NKP, údaje o vývozu památek, údaje o bezpečnostních kopiích, údaje o prověrkách fyzického stavu památek, o konzervování nebo restaurování poškozených nebo ohrožených památek, u památek uložených mimo veřejné archivy rozhodnutí o uložení památky do archivu na dobu určitou, rozhodnutí ministerstva týkající se nahlížení do originálů NKP a vystavování NKP.
Národní archiv provádí nejméně jedenkrát za rok prověrku fyzického stavu památek uložených v archivu. Zpráva o provedení prověrky je součástí výroční zprávy archivu (odkaz). Obdobným způsobem provádí Národní archiv také prověrku fyzického stavu AKP a NKP, které nejsou uloženy v archivech a které vede ve své základní nebo druhotné evidenci NAD.
K 31. 12. 2008 bylo v Národním archivu uloženo celkem 25 archivních kulturních památek a 1 národní kulturní památka (viz přehled). Národní archiv zatím neeviduje ve své základní nebo druhotné evidenci NAD žádné AKP a NKP uložené mimo archivy.